区别如下：
一、物种不同
1.花甲为软体动物门双壳纲。
2.蛤蚧为是壁虎科、壁虎属的动物。
二、形态不同
1.花甲长约3厘米，壳卵圆形，淡褐色，边缘紫色。贝壳较瘦长是长卵圆形。
2.蛤蚧体型较大，体长可达30厘米以上，头长大于尾长。背腹面略扁头呈扁平三角形；皮肤粗糙，全身密生粒状细鳞；体色有深灰色、灰蓝色、青黑色等，头、背部有深灰、蓝褐等颜色横条纹，全身散布灰白色、砖红色、紫灰色、橘黄色斑点，尾有白色环纹。吻鳞不接鼻孔。背部粒鳞间散布的疣鳞约12-14纵列。指、趾间微蹼。
三、栖息地
1.花甲生活在浅海底。
2.蛤蚧栖息于山岩或荒野的岩石缝隙、石洞或树洞内，生活于树林、开阔地、山区、荒漠及房屋内。