1、烟台二中现在有三所学校，还有一所在建。东北、南方、北方三个学校，一个高新校区正在建设中。
2、北校，也就是我们通常所说的烟台二中，更重要的是烟台二中的总校，建于1866年，至今已有147年的历史。位于玉皇顶环新路1号。有初中和高中。学生会、社团建设居烟台首位。学生的民主自治程度最高，很多问题可以通过学生会向上反映。迄今为止，共有34个协会，普及率很高，活动也很多。初中没有住宿，需要可以留在高中，不需要也可以留在学校。
3、南校，也就是清华中学，在大东矿。有初中和高中。和北校不同的是更严格，活动少，放假时间也是。高中初中都留下。
4、鹿鸣社区附近的东校(莱山校区)于2009年开学，今年第一批学生将参加中考。只有初中，没有高中。一半的新老师一般都是从北校调过来的经验丰富的老老师，具体成绩不详。没有住宿。
5、高科技校园正在建设中，预计2013年完工。只有高中。什么时候招生还没有决定。硬件设施很好，比如游泳池，小树林等。据说硬件配置可以在全国名列前茅。